Der wichtigste Knotenpunkt für den öffentlichen Personennahverkehr ist der S-Bahnhof Baumschulenweg. Hier halten die S-Bahn-Linien S 8, S 9, S 45, S 46, S 47 und S 85. Zur weiteren Erschließung des Kiezes dienen ferner die Buslinien 166, 167, 170 und 265. Im Süden des Viertels steht außerdem die Metrobuslinie M41 zur Verfügung, die Baumschulenweg mit Neukölln und Mitte verbindet.
Da die Grenzen Baumschulenwegs zu einem großen Teil vom Kanalsystem der Spree gebildet werden, fährt hier auch eine Fähre. Die Fährlinie F11 verbindet den Ortsteil mit der auf der anderen Spreeseite gelegenen Kleingartenkolonie Wilhelmstrand. Die zentrale Achse des Individualverkehrs ist die Baumschulenstraße, die den Bezirk zentral in Nord-Süd Richtung durchläuft. Sie verbindet den Stadtteil zum einen mit der im Süden gelegenen Autobahn A113 und zum anderen im Norden mit der Bundesstraße B 96a.