Am Nordostrand liegen Arbeitersiedlungen und der S-Bahn-Anschluss Berlin-Schöneweide. Im Südosten, in Richtung Adlershof, befindet sich das Betriebsgelände des ehemaligen Flugplatzes Johannisthal. Nach Südwesten, in Richtung Rudow, wird das Gebiet begrenzt durch die A 113 und den Teltowkanal. Im Süden und Südwesten Johannisthals befand sich die Berliner Mauer als Grenze zu West-Berlin. Nach Nordwesten, in Richtung Baumschulenweg, liegt die Königsheide, ein Waldstück, und südwestlich davon die Ortslage Späthsfelde.
Johannisthal lässt sich mit den S-Bahn-Linien S 45/46/47, S8/85 und S9 (Station: Schöneweide) erreichen. Seit 2005 ist Johannisthal durch die Abfahrt Stubenrauchstraße der A 113 an das Berliner Autobahnnetz angebunden.